Este análisis se realiza para datos de experimentos realizados con Microarrays de Affymetrix o Agilent en servicios validados tanto de expresión, como de miRNA, splicing o tiling arrays previa consulta con el personal de la Unidad.
La Unidad ofrece 3 tipos de análisis según el nivel:
- Análisis BÁSICO. El servicio incluye:
- Preanálisis (Procesamiento de los datos de fluorescencia): análisis de imagen, adquisición de datos, corrección del fondo (background), sumarización de sondas y normalización
- Control de calidad de las muestras (PCA, H-clustering, signal and relative signal box plot, MA plots..)
- Análisis bioestadístico de la expresión diferencial: valor de cambio de expresión de una condición respecto a su referencia (fold change), parámetros estadísticos para establecer un grado de confianza (p-value), media, t-student, anotaciones sobre los transcritos (número de identificación, símbolo del gen, nombre del gen y descripción con los números de acceso del transcrito correspondiente).
- Análisis de datos en experimentos lineales de tiempo/dosis
- Cálculo del ratio de intensidad y p-value para experimentos de ChIP-on-Chip+
- Análisis FUNCIONAL:
- Filtrado y selección de genes/zonas de enriquecimiento
- Búsqueda de anotaciones relacionadas con los genes/zonas de interés
- Análisis de grupos comunes de desregulación (clustering)
- Asignación de categorías Gene Ontologies (localización celular, proceso biológico y función molecular).
- Enriquecimiento funcional según GOs.
- Comparación entre grupos de genes desregulados en distintas condiciones experimentales
- Representación gráfica de los resultados:
- Gráficos de barra/línea de genes desregulados
- Diagramas de calor (heat diagram)
- Diagramas de Venn
- Representaciones de vías celulares alteradas
- Diagramas de agrupaciones (clustering)
- Visualización de regiones cromosómicas concretas
- Análisis Comparativo:
- Comparativa con datos de expresión de microarrays publicados en las bases de datos
- Búsqueda de motivos funcionales transcripcionales relacionados con el objetivo de estudio experimental
- Extracción de datos de grupos de genes implicados en rutas concretas
- Integración de datos de miRNA, expresión y/o tiling para microarrays de Affymetrix
- Análisis a medida dentro de las posibilidades de la unidad, su disponibilidad y las necesidades del investigador.
El requisito para el usuario para usar este servicio es que los microarrays se hayan procesado y leídos en una plataforma homologada por Affymetrix o Agilent. El material de partida será los ficheros .CEL o .GPR o .TXT del experimento.
Toda solicitud será sujeta a aprobación por parte de la Unidad y ésta podrá rechazar aquellos trabajos que no cumplan un mínimo de calidad.
El comienzo del análisis será decidido por la Unidad y se priorizará el servicio de Microarrays por encima de éste. El tiempo invertido en el análisis será el que demande el proyecto.
Una vez terminado el análisis será comunicado al usuario vía correo electrónico y enviados los resultados correspondientes.
Para cualquier duda, consultar con la Unidad (eloisa.andujar@cabimer.es o monica.perez@cabimer.es 954 467828).