Centro Andaluz de Biología Molecular y Medicina Regenerativa
Unidad de genómica

SERVICIOS - Secuenciación masiva: Introducción general

Para una mayor flexibilidad, el Servicio de NGS de la Unidad, ofrece dos puntos de entrada en el flujo de trabajo:

  1. El usuario entrega la muestra y la Unidad se encarga de preparar la librería (esto dependerá de la aplicación solicitada).
  2. El usuario entrega en la Unidad la librería ya preparada y que sea compatible con el Sistema de Secuenciación Ion-Torrent, y se comprueba la calidad de la misma.

El servicio de NGS incluye:

  • Asesoramiento respecto al diseño experimental (Cobertura, Tipo de Librería necesaria, Preparación de la Librería, Chips, etc…) y preparación de muestras.
  • Control de calidad de la muestra (ADN, ARN o librería) mediante BioAnalyzer, Fluorimetría (Qubit), NanoDrop, etc, según determine el servicio por aplicación.
  • MATRICES de secuenciación (chips o flowcells).
  • Amplificación clonal y Enriquecimiento de las muestras (PCR de emulsión, elaboración de Clusters) con los controles oportunos de trazabilidad del experimento.
  • Secuenciación en el equipo correspondiente (PGM de Ion Torrent o NextSeq500 de Illumina).
  • Análisis primario de los Resultados que consistirá en los siguientes archivos:
    • Archivo *.pdf con los parámetros del Control de Calidad de la Carrera y los Datos/Secuencias.
    • Secuencias de la/s Librería/s (archivos FASTQ) en las que ya se ha realizado el Filtrado y Trimming para hacer entrega de secuencias que superan ya uno parámetros de Calidad
    • Alineamiento de la/s Librería/s (archivos BAM y BAI) si el usuario seleccionó o proporcionó un genoma de referencia cuando solicitó el Servicio.
    • Si se usan códigos de Barras de Ion Torrent/Illumina, los resultados se entregarán de forma individual para cada uno de ellos.
  • En algunos tipos de Aplicaciones, la Unidad realiza un análisis de Datos en mayor profundidad (consultar). Además, ThermoFisher también ofrece Acceso Gratuito al Software Ion ReporterTM para el Análisis Automatizado de algunas Aplicaciones del PGM.

Una vez terminado el análisis (15 días aprox. por carrera y desde la obtención de la librería) será comunicado al usuario vía correo electrónico y enviados los resultados junto con un informe final para la interpretación de datos.

Para Tarifas y Recomendaciones para utilizar este servicio, contacte con la Unidad (eloisa.andujar@cabimer.es o monica.perez@cabimer.es 954 467828).

SERVICIOS - Secuenciación masiva: Ion-Torrent

La Unidad de Genómica de CABIMER ofrece Servicio de Secuenciación Masiva o Next Generation Sequencing  (NGS) utilizando la plataforma Ion Torrent™ Personal Genome Machine® (PGM)  de Thermo Fisher Scientific (antes Life Technologies)  basada en la tecnología de semiconductores. Ésta  usa chips con sensores de voltaje en cada pocillo capaces de detectar los Hidrógenos (H+) liberados cada vez que un nucleótido se une a la nueva cadena en formación. El resultado es una de las tecnologías de secuenciación más simple, rápida (<3hr/run), rentable (no existe cascada enzimática, sin fluorescencia, quimioluminiscencia, etc..)  y escalable de las que actualmente están disponibles.

La Flexibilidad del sistema es debido a:

  • Hay disponibles 3 tipos de chips con diferente rendimiento (numero de Wells para realizar reacciones de secuenciación) con la intención de dar cabida a las diferentes necesidades de cobertura (profundidad de lectura) según la aplicación o necesidad del investigador.
  • Longitud de lectura: se pueden elaborar las librería con dos longitudes de lectura según aplicación (reads 200-400pb)

  • Posibilidad de Multiplexar muestras (código de barras en adaptadores), es decir, introducir distintas muestras en la misma carrera de secuenciación, amortizando así la reacción y el experimento en general. 

La plataforma de Ion Torrent ofrece una amplia gama de aplicaciones, destacando:

  • RNA Seq (Estudios de transcriptómica)
  • Chip-Seq, MNse-Seq
  • De Novo
  • Re-secuenciación en busca de variantes genéticas de todo tipo (AmpliSeq,etc..) a medida, de cáncer o enfermedades hereditarias entre otras
  • Análisis estructurales de DNA (Aneuploidía, CNV, STRs,etc..)
  • Perfiles de expresión génica de mRNAs y microRNAs a escala global (Small RNA-Seq)
  • Estudios de metagenómica y epigenómica
  • Tipificación bacteriana, viral.
  • Secuenciación con fines diagnósticos de baterías de genes definidos como marcadores de susceptibildad
  • Análisis de farmacogenómica a nivel de genoma completo.

Existen varias tecnologías que permiten la resecuenciación dirigida o enriquecimiento de librerías en dianas/genes de interés compatibles con la plataforma Ion Torrent:

  • Ion AmpliSeq Panels (DNA/RNA) kits de Life Technolgies. Paneles para el estudio de grupos de genes específicos o regiones genómicas implicados, entre otros, en:
    • Cáncer (Cáncer, BRCA1/2, Lung & Colon,etc).
    • Enfermedades hereditarias (Cardiovascular, Hematology, Autism, Dermatology, Deafnessetc).
    • Enfermedades Infecciosas, Apoptosis.
    • Identificación Humana (Aplicaciones Forenses).
  • Ion TargetSeq Custom Enrichment de Life Technolgies (diseño a medida)
  • HaloPlex Target Enrichment System de Agilent Technolgies (diseño a medida)

Para ampliar la información, consulte en la web de Thermo Fisher Scientific.

SERVICIOS - Secuenciación masiva: Illumina

La Unidad de Genómica de CABIMER TAMBIÉN ofrece Servicio de Secuenciación Masiva o Next Generation Sequencing  (NGS) utilizando la plataforma NextSeq500 de Illumina. Esta tecnología está  basada en secuenciación por síntesis (SBS) con nucleótidos marcados con florocromos y terminadores reversibles, permitiendo así una secuenciación masiva y paralela en millones de fragmentos de ADN. Específicamente este sistema resuelve con eficiencia los homopolímeros. Es apto para diferentes aplicaciones pudiendo secuenciar desde paneles pequeños de genes a exomas, transcriptomas y genomas de humanos en un solo experimento.

El sistema presenta una Flexibilidad muy útil que permite trabajar con distintas aplicaciones  y número de muestras. Ello es debido a:

  • Hay disponibles 2 tipos de matrices (flowcells) con diferente rendimiento para poderse adaptar a las necesidades de cobertura (profundidad de lectura) según la aplicación o la preferencia investigador. Además la secuenciación se puede realizar desde un único extremo de las moléculas de ADN o desde los dos (single-end y paired-end). Los dos niveles de profundidad sin hasta 130M lecturas (M=millones) en single-end (260M en paired-end) y hasta 400M lecturas en single-end (800M en paired-end).
  • Longitud de lectura: la secuenciación se puede hacer hasta 75bp o hasta

La combinación estas características se traducen en un abanico amplio de opciones:

Todas las muestras están marcadas con un “código de barras o index” pudiendo introducir distintas muestras en la misma carrera de secuenciación, amortizando así la reacción y el experimento en general (multiplexar). 

La plataforma de Illumina ofrece una amplia gama de aplicaciones para todo tipo de organismos procariotas y eucariotas superiores:

  • RNA Seq (Estudios de transcriptómica completo)
  • Estudios de Exomas
  • Chip-Seq, MNse-Seq, DRIP-Seq, ATAC-Seq…
  • Secuenciación De Novo
  • Re-secuenciación en busca de variantes genéticas de todo tipo
  • Perfiles de expresión génica de mRNAs y microRNAs a escala global (Small RNA-Seq)
  • Estudios de epigenómica y metilación
  • Paneles a medida

Los datos de los experimentos de Secuenciación se pueden ejecutar en una amplia gama de canales de código abierto, o bien se pueden transferir, analizar y almacenar de manera segura en BaseSpace® en la nube. BaseSpace (BS) es el entorno informático de genómica de Illumina y también incluye aplicaciones de análisis de datos de Illumina para Exomas, transcriptomas, genomas completos y llamadas de variantes somáticas.

Para ampliar la información, consulte en la web de Illumina.

Este servicio es a medida, así que para cualquier duda, consultar con la Unidad (eloisa.andujar@cabimer.es o monica.perez@cabimer.es 954 467828).