Centro Andaluz de Biología Molecular y Medicina Regenerativa
Unidad de genómica

SERVICIOS - Microarrays de Affymetrix

La tecnología de microarrays permite el análisis estructural y funcional de los genomas. Los “microarrays” de Affymetrix se obtienen mediante la síntesis de oligonucleótidos de 25 mer utilizando la técnica de fotolitografía sobre una superficie de cuarzo. Dicha plataforma está permanentemente actualizada, es de alta reproducibilidad y exactitud, motivos por los cuales es una de las más utilizadas en el mundo. Esto permite una comparación directa de datos con los de otros laboratorios, y se encuentra  en sincronía con las necesidades de nuestra comunidad científica.

Dentro de las distintas aplicaciones disponibles con este tipo de microarrays, en la Unidad de Genómica de Cabimer se ofertan las siguientes:

  • Estudios de expresión génica tradicional mediante “3’ IVT Expression Analysis”o “Prime View”. Son microarrays (“3’ expression arrays”) que tiene una media de 11 sondas/gen que detectan la región 3´ del transcrito. Para el análisis convencional de patrones de expresión basado en secuencias predichas y bien anotadas de mensajeros.
  • Estudios de transcriptoma completo que permiten estudios de expresión génica mediante microarrays (“Gene arrays/Clariom S”) con 26 sondas/gen diseñadas a lo largo del gen completo. Para estudios de expresión diferencial más completos (al contemplar transcritos sin extremos PolyA: lncRNA, lincRNA,etc.), más concretos y económicos que los “3´ Expression Arrays” o “Prime View”.
  • Estudios de variantes de splicing mediante los nuevos “Clariom D/Transcriptome Array” (Human, Mouse, Rat) con sondas en exones y en las zonas de junction y alternativamente con los “Exon Array” que consta de 4 sondas/exón y 40 sondas/gen (10 exones). Para estudios de niveles de expresión génica y a nivel de exones.

  • Estudios de small-RNA, para estudios de mecanismos mediados por miRNAs, pre-miRNA, snoRNA, scaRNA y con más de 203 organismos en un mismo enayo.
  • Estudios de regulación de genomas completos para distintas aplicaciones 
  • Mapeo transcriptómico con microarrays (“Whole Genome Arrays”) que cubren todo el genoma: estudio de expresión génica, splicing aleternativo, miRNA….
  • Estudios de interacciones ADN/proteína (ChIP-on-Chip) con distintos tipos de arrays de cobertura total (Tiling Array), Promotores.
  • Estudios de citogenética molecular con alta sensibilidad, especificidad y resolución para la identificación de aberraciones cromosómicas en el control de calidad de líneas celulares (stem cell incl.), estudios prenatales, células tumorales, etc.. en la detección de anormalidades, aberraciones submicroscópicas, pérdidas/ausencia de heterocigosidad, ganancias y pérdidas, disomías uniparentales y mosaicos.

Los GeneChips® específicos para cada organismo y tipo de análisis están disponibles en la web de Affymetrix.

Para otro tipo de Microarrays, aplicaciones o especificidades de las muestras o protocolos de Affymetrix, consultar con la Unidad (eloisa.andujar@cabimer.es, monica.perez@cabimer.es o 954467828).

Para realizar un análisis completo de Microarrays se incluyen los siguientes puntos y servicios:

  • Microarrays  
  • Asesoramiento respecto al diseño experimental y preparación de muestras.
  • Análisis de calidad de RNA” (Bioanalyzer 2100) o de DNA según corresponda y cuantificación por Nanodrop o Qubit, según considere el servicio.
  • Amplificación y marcaje de la muestra (biotinilado, según indicaciones del fabricante).
  • Hibridación y lavados de Microarrays.
  • Lectura de los arrays mediante el Scanner modelo “3000 7G”.
  • Análisis de la imagen, Control de calidad y Cuantificación de datos de fluorescencia con el software específico AGCC (datos brutos *.CEL).
  • Para los arrays de expresión, miRNA y splicing se incluye el “Análisis Bioestadístico de datos” (limma o anova) si se trata de 3 o más réplicas: procesamiento de los datos de fluorescencia (datos brutos), normalización de datos mediante RMA, valor de cambio de expresión de una condición respecto a su referencia, con los parámetros estadísticos apropiados para establecer un grado de credibilidad (p-value) y anotaciones sobre los transcritos (número de identificación de Affymetrix, símbolo del gen, nombre del gen y descripción con el número de acceso del transcrito correspondiente). En los microarrrays de última generación se utilizará el software gratuito de Affymetrix, TAC (Transcriptome Analysis Console Software).
  • Para los arrays de citogenética se incluye el análisis de los datos mediante el software gratuito de Affymetrix ChAS (Chromosome Analysis Suite) para la detección de las distintas aberraciones/alteraciones cromosómicas, así como su comparación con bases de datos “sanos” y OMIMs.

Una vez terminado el análisis (15 días aprox. desde su comienzo) será comunicado al usuario vía correo electrónico. Se enviará un informe final para la interpretación de datos dependiendo de la aplicación, y el resultado del análisis de los microarrays en tabla Excel (datos brutos, normalizados por estadístico y análisis comparativo apropiado), así como los datos brutos (*.CEL) y normalizados (*.CHP) del experimento.

Para Envío y Requisitos de las muestras así como para la recepción de resultados, consultar en la Guía de Usuario de Microarray (eloisa.andujar@cabimer.es o monica.perez@cabimer.es 954 467828).