Analisis de Microarrays. Plataforma Agilent


Agilent Technologies cuenta con Microarrays prediseñados y personalizados de diversos organismos y para diversas aplicaciones. Todos presentan sondas sensibles y selectivas de al menos 60 pb (60-mer) sintetizados in situ mediante la tecnología SurePrint. Esta longitud permite una mayor sensibilidad en el resultado de la detección ya que permite cierto desapareamiento (mismatch) entre las sondas y la muestra marcada incrementando la relación señal/ruido de fondo.


Además, esta plataforma comercializa slides con formatos multiplex de diferente densidad:

– 1 x 244K: 1 array/slide en el porta con una densidad de ~244.000 sondas.
– 2 x 105K: 2 arrays/slide idénticos de ~105.000 sondas cada uno.
– 4 x 44K: 4 arrays/slide idénticos, con una densidad de ~ 44.000 sondas.
– 8 x 15K: 8 arrays/slides idénticos, con una densidad de ~15.000 sondas.

En éstos se sintetizan 2, 4 u 8 arrays idénticos en el mismo portaobjetos lo que permite el análisis simultáneo de varias muestras en un mismo slide:



El Servicio de Microarrays incluye los siguientes puntos y servicios:

  • Asesoramiento respecto al diseño experimental.
  • “Análisis de calidad del RNA” (Bioanalyzer 2100).
  • Marcaje de muestras experimentales de RNA para posterior hibridación y lavado (Reactivos Agilent)
  • Lectura con el escáner GenePix 4100A de Axon. Análisis de la imagen, Control de calidad y Cuantificación de datos de fluorescencia con el software específico GenePix Pro 6.0. (datos brutos: *.gpr).
  • Para los arrays de expresión se incluye el “Análisis Bioestadístico de datos” (limma): procesamiento de los datos de fluorescencia (datos brutos), normalización de datos mediante RMA, valor de cambio de expresión de una condición respecto a su referencia, con los parámetros estadísticos apropiados para establecer un grado de credibilidad (p-value) y anotaciones sobre los transcritos.

Una vez terminado el análisis (15 días aprox. desde su comienzo) será comunicado al usuario vía correo electrónico y enviados en tabla Excel (datos brutos, normalizados por estadístico y análisis comparativo apropiado) junto con los ficheros *.gpr de la hibridación de los Microarrays y un informe final para la interpretación de datos.
Para Envío y Requisitos de las muestras así como para la recepción de resultados, consultar en la Guía de Usuario de Microarray de Agilent.

Formulario

La plataforma de Microarrays de Agilent ofrece una amplia gama de aplicaciones:

  • Microarrays de Expresión Génica.
  • Análisis de miRNAs,
  • Microarrays de Hibridación Genómica Comparativa (oligo aCGH),
  • Inmunoprecipitación de cromatina (ChIP-on-chip),
  • Análisis de variantes de splicing (SpliceArray) y Metilación del DNA.

Dentro de estas aplicaciones, en la Unidad de Genómica de Cabimer se trabaja de forma rutinaria en las que se indican a continuación:

  • Análisis de perfiles de expresión génica diferencial mediante marcaje con un color (Cy-3), en el que todas las muestras se marcan con el fluorocromo Cy-3 y se hibridan el experimento y el control en distintos Microarrays del mismo portaobjetos. Formato del slide 4x44 K (4 array/slide). Diseño de las sondas basadas basadas en: Goldenpath Ensembl Unigene Human Genome (Build 33), RefSeq, GenBank.
  • Análisis de la expresión génica de microRNAs (miRNAs) para estudiar su papel en regulación génica. Sólo existe la posibilidad de marcaje con un color (Cy-3). Formato del slide 8x15 K (8 array/slide). Diseño de las sondas basadas en: Sanger miRBase.

Los Chips específicos para cada organismo y tipo de análisis están disponibles en la web de Agilent.

Para otras aplicaciones, consultar con la Unidad ( Esta dirección electrónica esta protegida contra spam bots. Necesita activar JavaScript para visualizarla o 954467828).

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