Analisis de Microarrays

 

La tecnología de microarrays permite el análisis estructural y funcional de los genomas. Los “microarrays” de Affymetrix se obtienen mediante la síntesis de oligonucleótidos de 25 mer utilizando la técnica de fotolitografía sobre una superficie de cuarzo. Dicha plataforma está permanentemente actualizada, es de alta reproducibilidad y exactitud, motivos por los cuales es una de las más utilizadas en el mundo. Esto permite una comparación directa de datos con los de otros laboratorios, y se encuentra  en sincronía con las necesidades de nuestra comunidad científica.

El Servicio de Microarrays incluye los siguientes puntos y servicios:

  • Asesoramiento respecto al diseño experimental.
  • "Análisis de calidad de RNA" (Bioanalyzer 2100) o de DNA según corresponda.
  • Amplificación y marcaje de la muestra (cRNA biotinilado).
  • Hibridación y lavados de Microarrays.
  • Lectura de los arrays  mediante el Scanner modelo "3000 7G".
  • Análisis de la imagen, Control de calidad y Cuantificación de datos de fluorescencia con el software específico GCOS (datos brutos: *.CEL y *.CHP).
  • Para los arrays de expresión se incluye el “Análisis Bioestadístico de datos” (limma): procesamiento de los datos de fluorescencia (datos brutos),  normalización de datos mediante RMA, valor de cambio de expresión de una condición respecto a su referencia, con los parámetros estadísticos apropiados para establecer un grado de credibilidad (p-value) y anotaciones sobre los transcritos (número de identificación de Affymetrix, símbolo del gen, nombre del gen y descripción con el número de acceso del transcrito correspondiente).


Una vez terminado el análisis (15 días aprox. desde su comienzo) será comunicado al usuario vía correo electrónico y enviados en tabla Excel (datos brutos, normalizados por estadístico y análisis comparativo apropiado) junto con los ficheros *.CEL y *.CHP de la hibridación del los microarrays y un informe final para la interpretación de datos.

Para Envío y Requisitos de las muestras así como para la recepción de resultados, consultar la Guía de Usuario de Microarrays.

 

Para solicitar este servicio, descargue aquí el formulario correspondiente.

 

Dentro de las distintas aplicaciones disponibles con este tipo de microarrays, en la Unidad de Genómica de Cabimer se ofertan las siguientes:

 

 

  • Análisis de los perfiles de expresión génica diferencial mediante:

 

  • “3´Expression Arrays”, 11 sondas/gen que detectan la región 3´ del transcrito. Para el análisis convencional de patrones de expresión basado en secuencias predichas y bien anotadas de mensajeros.
  • “Gene Array”, 26 sondas/gen diseñadas a lo largo del gen completo. Para estudios de expresión diferencial más completos (contemplan transcritos sin extremos PolyA), más concretos (sólo genes bien anotados) y económicos que los “3´ Expression Arrays”.
  • “Exon Array”, 4 sondas/exón y  40 sondas/gen (10 exones). Para estudios de niveles de expresión génica y a nivel de exones.
  • “miRNA Arrays”, para estudios de mecanismos mediados por miRNAs.

 

 

  • Análisis de variantes de splicing mediante “Exon Array”.

 

  • Análisis de regulación y genomas completos:
  • “Tiling Arrays” (Whole-Genome Array) que cubren todo el genoma y pueden ser    empleados para estudios de Mapeo Transcripcional completo y de Interacciones proteína/DNA a nivel genómico (ChIP-on-Chip).
  • “Promoter Arrays” para identificación y estudio de regiones promotoras en ratón y humanos.
  • “Encode Arrays” para estudios de nuevo de mapeo transcripcional, metilación o ChIP-on-Chip basado en el proyecto ENCODE. Sólo para humanos.


Los GeneChips® específicos para cada organismo y tipo de análisis están disponibles en la web de Affymetrix.

Para otro tipo de Microarrays de Affymetrix, consultar con la Unidad ( Esta dirección electrónica esta protegida contra spam bots. Necesita activar JavaScript para visualizarla o 954 46 7828).

 

Volver Servicios Ofertados